2.9.0 - Actias luna 🦋

Profils de taxons

🚀 Nouveautés

• Construction automatique d'une fiche d'identité (profil) par taxon grâce aux observations validées présentes dans la base de données (altitude min/max, distribution spatiale, date de première/dernière observation, nombre de données valides, phénologie) (#917 par @DonovanMaillard, @lepontois, @Adrien-Pajot, @TheoLechemia, @bouttier, @amandine-sahl, @jpm-cbna)
  • Création d'un schéma gn_profiles dans la BDD contenant les tables, les vues, les fonctions et les paramètres de calcul des profils de taxons (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/develop/data/core/profiles.sql) (#1103)
  • Mise en place de l'API des profils de taxons (#1104)
  • Affichage des scores de chaque observation par rapport au profil du taxon dans la liste des observations du module Validation, ainsi que dans les fiches détails des observations dans les modules Synthèse et Validation (#1105)
  • Ajout de filtres des observations par score ou critère des profils de taxon dans le module Validation (#1105)
  • Ajout d'une alerte de contextualisation d'une observation par rapport au profil de taxon, lors de sa saisie dans le module Occtax
  • Mise en place de paramètres pour activer ou non les profils de taxons, paramétrer leurs règles et définir les statut de validation pris en compte pour le calcul des profils ("Certain-très probable" et "Probable" par défaut)
  • Documentation des profils de taxons et de leur paramètrage (https://docs.geonature.fr/admin-manual.html#profils-de-taxons)
  • Suppression de la vue matérialisée gn_synthese.vm_min_max_for_taxons et de la fonction gn_synthese.fct_calculate_min_max_for_taxon() qui n'étaient pas utilisées
• [OCCTAX] Ajout d'un bouton permettant d'annuler la modification d'un taxon (#1508 par @jbrieuclp)
• [OCCTAX] Ajout de valeurs par défaut aux champs additionnels (gn_commons.t_additional_fields.default_value)
• [OCCTAX] Ajout d'un filtre avancé par id_releve
• [SYNTHESE] Ajout d'un filtre avancé par UUID d'observation (#973)
• Amélioration des listes déroulantes en passant à la librairie ng-select2 pour les composants multiselects (#616 par @jbrieuclp)
• Gestion du référentiel des régions par Alembic (#1475)
• Ajout des anciennes régions (1970-2016), inactives par défaut, mais utiles pour les règles régionales de sensibilité
• Gestion du référentiel de sensibilité (règles nationales et régionales) par Alembic (#1576)
• Ajout d'une documentation sur le calcul de la sensibilité des observations (https://docs.geonature.fr/admin-manual.html#gestion-de-la-sensibilite, par @mvergez)
• [SYNTHESE] Amélioration de la fenêtre de limite d'affichage atteinte (#1520 par @jpm-cbna)
• [OCCHAB] Utilisation de tout Habref par défaut si aucune liste d'habitats n'est renseignée dans la configuration du module
• [METADONNEES] Attribuer des droits à un utilisateur sur un JDD si il a des droits sur son cadre d'acquisition
• Association automatique et paramétrable des jeux de données personnels auto-générés à des modules (Occtax par défaut) (#1555)
• Utilisation du C du CRUVED de l'utilisateur pour lister les jeux de données dans lesquels il peut ajouter des données dans les différents modules (et non plus le R du CRUVED sur GeoNature) (#659)

🐛 Corrections

• [OCCTAX] Correction de l'enregistrement des dénombrements lors de l'enchainement des relevés (#1479 par @jbrieuclp)
• [OCCTAX] Correction du filtre du champs "Habitat" par typologie d'habitat
• [ADMIN] Correction de l'affichage du module (#1427 par @jbrieuclp)
• [ADMIN] Sécurisation du module (#839)
• [VALIDATION] Corrections de la validation des observations (#1485 / #1529)
• [METADONNEES] Amélioration des performances (#1559)
• [METADONNEES] Correction de la suppression des JDD
• [METADONNEES] Correction de l'export PDF des JDD (#1544)
• [METADONNEES] Correction des permissions (#1528)
• [METADONNEES] Correction de la recherche avancée
• [SYNTHESE] Correction de la recherche sur les champs génériques de type nombre entier (#1519 par @jpm-cbna)
• [SYNTHESE] Correction des permissions
• [SYNTHESE] Correction du lien entre les filtres CA et JDD (#1530)
• [OCCHAB] Correction du chargement de la configuration, des fiches info et de la modification d'une station
• [METADONNEES] Améliorations des performances et des contrôles du formulaire des acteurs pour les JDD et les CA (par @joelclems)
• Correction de la redirection vers le formulaire de login en cas de cookie corrompu (#1550 par @antoinececchimnhn)
• Correction de la création de compte utilisateur (#1527)
• Mise à jour du module Habref-api-module pour corrections de certaines données d'Habref

💻 Développement

• Migration vers la librairie gn-select2 pour les listes déroulantes des formulaires (#616 / #1285 par @jbrieuclp)
• Documentation de développement backend revue et complétée (#1559, https://docs.geonature.fr/development.html#developpement-backend)
• Amélioration de nombreuses routes et fonctions du backend
• Ajouts de tests automatisés du backend
• Mise en place d'une intégration continue pour exécuter automatiquement les tests backend et leur couverture de code avec GitHub Actions, à chaque commit ou pull request dans les branches develop ou master (#1568, https://github.com/PnX-SI/GeoNature/actions)
• [VALIDATION] Suppression des vues SQL et optimisation des routes
• Génération automatique et aléatoire du paramètre SECRET_KEY
• [SYNTHESE] Remplacement de as_literal par json.loads, plus performant (par @antoinececchimnhn)
• Possibilité de filter la route synthese/taxa_distribution par id_source (#1446 par @mvergez)
• Factorisation du composant pnx-municipalities avec le composant pnx-areas
• Ajout du composant pnx-areas dans dynamic-form
• Ajout d'un input valueFieldName aux composants pnx-areas et pnx-municipalities. Voir documentation (https://github.com/PnX-SI/GeoNature/blob/develop/docs/development.rst#pnx-municipalities)
• Mise à jour de nombreuses dépendances

⚠️ Notes de version

• La liste des JDD dans les modules de saisie (Occtax, Occhab, Monitoring et Import) se base désormais sur le C du CRUVED de l'utilisateur au niveau du module (ou du C du CRUVED de GeoNature si l'utilisateur n'a pas de CRUVED sur le module), au lieu du R de GeoNature jusqu'à présent. Vous devrez donc potentiellement adapter vos permissions à ce changement de comportement (#659)

• Si vous avez surcouché le paramètre de configuration AREA_FILTERS de la section [SYNTHESE], veuillez remplacer id_type par type_code (voir ref_geo.bib_areas_types)

    AREA_FILTERS = [
        { label = "Communes", id_type = 25 }
    ]
  

  devient

    AREA_FILTERS = [
        { label = "Communes", type_code = "COM" }
    ]
  

• Si vous aviez modifié les colonnes de la liste des observations du module Validation en adaptant la vue gn_validation.v_synthese_validation_forwebapp, celle-ci a été supprimée et il suffit désormais d'indiquer les colonnes souhaitées dans la configuration du module. Voir documentation (http://docs.geonature.fr/admin-manual.html#liste-des-champs-visibles)

• Les nouvelles fonctionnalités liées aux profils de taxons nécessitent de rafraichir des vues materialisées à intervalles réguliers et donc de créer une tâche planfiée (cron). Voir documentation (https://docs.geonature.fr/installation.html#taches-planifiees)

• Les régions sont maintenant disponibles via des migrations Alembic. Si vous possédez déjà les régions, vous pouvez l’indiquer à Alembic :

    geonature db upgrade ref_geo@head
    geonature db stamp d02f4563bebe
  

• Le référentiel de sensibilité est désormais disponible via une migration Alembic. Celui-ci nécessite le référentiel des régions (branche Alembic ref_geo_fr_regions), ainsi que le référentiel des anciennes régions (branche Alembic ref_geo_fr_regions_1970) – l’installation de ces référentiels est automatique avec l'installation des règles de sensibilité.

  • Si vous possédez déjà le référentiel, vous pouvez l’indiquer à Alembic :

      geonature db stamp 7dfd0a813f86
    

  • Si vous avez installé GeoNature 2.8.X, le référentiel de sensibilité n’a pas été installé automatiquement. Vous pouvez l’installer manuellement :

      geonature db upgrade ref_sensitivity_inpn@head
    

  Par défaut, seule les règles nationales sont activées, vous laissant le soin d’activer vos règles locales en base vous-même. Vous pouvez également demander, lors de l’installation du référentiel, à activer (resp. désactiver) toutes les règles en ajout à la commande Alembic l’option -x active=true (resp. -x active=false).

• Si vous souhaitez surcoucher les paramètres par défaut de Gunicorn (app_name, timeout...), depuis le passage à systemd dans la version 2.8.0, c'est désormais à faire dans un fichier environ à la racine du dossier de votre GeoNature (#1588, https://docs.geonature.fr/admin-manual.html#parametres-gunicorn)

• Si vous les utilisez, mettez à jour les modules Import, Export et Monitoring dans leurs dernières versions compatibles avec le version 2.9.0 de GeoNature