diff --git a/_sidebar.md b/_sidebar.md index 8bdc475..917cdf3 100644 --- a/_sidebar.md +++ b/_sidebar.md @@ -6,4 +6,5 @@ - [第五章 图卷积神经网络](docs\05图卷积网络\05图卷积网络.md) - [第六章 关系图卷积神经网络](docs\06关系图卷积神经网络\06关系图卷积神经网络.md) - [第七章 图注意力网络](docs\07图注意力网络\07图注意力网络.md) +- [附录A 环境配置](docs\A环境配置\A环境配置.md) - [持续更新中...](docs/01介绍/01介绍.md) \ No newline at end of file diff --git "a/docs/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256.md" "b/docs/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256.md" new file mode 100644 index 0000000..4b1fce9 --- /dev/null +++ "b/docs/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256.md" @@ -0,0 +1,304 @@ +# 附录A 环境配置 + +## A.1 安装 Anaconda/Miniconda + +### A.1.1 下载 Miniconda + +各大操作系统最新版本的 Minconda 都可以在下方网址进行下载： + +[Miniconda — Anaconda documentation](https://docs.anaconda.com/free/miniconda/index.html#latest-miniconda-installer-links) + +注意：选择下载的 Miniconda3 版本需要和电脑处理器的架构吻合。为了方便，在此下方直接提供各大操作系统推荐的下载链接。 + +| 系统 | 下载地址 | +| --- | --- | +| Windows | | +| macOS（Intel） | | +| macOS（M1） | | +| Linux（x64） | | +| Linux（arm64） | | + +### A.1.2 安装 Miniconda + +下面我们分别介绍在 Windows 系统（A.1.2.1 节）和 Linux 系统（A.1.2.2 节）下的安装流程。 + +#### A.1.2.1 Windows 系统安装 Miniconda + +1. 运行下载好的安装包 + +![A_miniconda_setting](../../figures/A环境配置/A_miniconda_setting.png) + +2. 一路next和agree，直到选择路径，可以根据自己偏好选择路径，这里选择默认。 + +![A_destination_folder](../../figures/A环境配置/A_destination_folder.png) + +3. 保持默认配置即可，下一步。 + +![A_installation_options](../../figures/A环境配置/A_installation_options.png) + +4. 完成，以后使用`conda` 从开始菜单点开即可。 + +![A_conda_launcher](../../figures/A环境配置/A_conda_launcher.png) + +![A_prompt](../../figures/A环境配置/A_prompt.png) + +#### A.1.2.2 Linux 系统安装 Miniconda + +下载好的安装文件放在 Downloads 文件中 + +![A_gnome_file_exploer](../../figures/A环境配置/A_gnome_file_exploer.png) + +在`Miniconda3`所在文件夹下打开终端 + +1. 为文件添加执行权限（文件名称要和自己下载的版本一致）命令是：`chmod a+x ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh` + +![A_gnome_shell](../../figures/A环境配置/A_gnome_shell.png) + +2. 运行安装程序命令，命令是`sh ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh` ，然后根据提示回车。 + +![A_license](../../figures/A环境配置/A_license.png) + +3. 这里会让阅读相关协议，直接按`q` 结束阅读，输入`yes`，然后回车。 + +![A_more](../../figures/A环境配置/A_more.png) + +![A_accept_license](../../figures/A环境配置/A_accept_license.png) + +4. 在这里程序提示以下信息，这里有三种选择，分别是回车使用默认路径`\home\user\miniconda3` 、使用`ctrl c` 终止程序、用户自定义路径。用户可以根据自己的需要选择安装目录。 + +```bash +- Press ENTER to confirm the location +- Press CTRL-C to abort the installation +- Or specify a different location below +``` + +![A_conda_init](../../figures/A环境配置/A_conda_init.png) + +5. 程序经过安装后会询问是否每次启动终端是否自动启动`conda`。输入`yes`然后回车。 + +![A_conda_inited](../../figures/A环境配置/A_conda_inited.png) + +6. 根据提示重启终端，再次打开就会出现`(base)` 。以后就在终端操作`conda`。 + +![A_base](../../figures/A环境配置/A_base.png) + +## A.2 换源 + +在安装package时，我们经常会使用pip install package_name和conda install package_name 的命令，但是一些package下载速度会很慢，因此我们需要进行换源，换成国内源，加快我们的下载速度。以下便是两种对应方式的永久换源。如果我们仅仅想为单次下载换源可以使用pip install package_name -i + +下面我们分别介绍在 Windows 系统（A.2.1）和 Linux 系统（A.2.2）下的换源。 + +### A.2.1 Windows 系统换源 + +#### A.2.1.1 `pip`换源 + +1. 文件管理器文件路径地址栏敲：`%APPDATA%` 回车，快速进入 `C:\Users\User\AppData\Roaming` 文件夹。 + +![A_APPDATA](../../figures/A环境配置/A_APPDATA.png) + +2. 新建 pip 文件夹并在文件夹中新建 `pip.ini` 配置文件。 + +![A_new_pipini](../../figures/A环境配置/A_new_pipini.png) + +3. 使用记事本打开，输入以下内容，并按下`ctrl+s`保存。 + +``` +[global] +index-url = https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple +[install] +use-mirrors =true +mirrors = https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/ +trusted-host = pypi.tuna.tsinghua.edu.cn +``` + +![A_win_pipini](../../figures/A环境配置/A_win_pipini.png) + +#### A.2.1.2 `conda`换源 + +我们需要在`.condarc`文件内进行换源，但是Windows 用户无法直接创建名为 `.condarc` 的文件，可先执行`conda config --set show_channel_urls yes`生成该文件之后再修改。 + +1. 执行完`conda config --set show_channel_urls yes`后会在用户文件夹找到`.condarc` 文件。 + +![A_condarc](../../figures/A环境配置/A_condarc.png) + +2. 修改这个文件，替换为以下内容。 + +``` +channels: + - defaults +show_channel_urls: true +default_channels: + - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main + - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r + - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2 +custom_channels: + conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud + msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud + bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud + menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud + pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud + simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud +``` + +### A.2.2 Linux 系统换源 + + + +#### A.2.2.1 `pip`换源 + + 在终端执行以下命令 + + ```bash + cd ~ + mkdir .pip/ + cd .pip + vim pip.conf + ``` + + 在这个`pip.conf`文件下应该粘贴以下内容，直接复制粘贴到文件内即可，然后结束编辑。 + + ```bash + [global] + index-url = https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple + [install] + use-mirrors =true + mirrors = https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/ + trusted-host = pypi.tuna.tsinghua.edu.cn + ``` + +#### A.2.2.2 `conda`换源 + + 在终端执⾏以下命令 + + ```bash + cd ~ + vim .condarc + ``` + + 在`.condarc` 文件内应该粘贴以下内容，直接复制粘贴到文件内即可。然后结束编辑 + + ``` + channels: + - defaults + show_channel_urls: true + default_channels: + - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main + - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r + - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2 + custom_channels: + conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud + msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud + bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud + menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud + pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud + simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud + ``` + + 最后使用`conda clean -i` 清除索引缓存。 + +## A.3 `conda`/`pip`的使用 + +- 查看现有虚拟环境：`conda env list` +- 创建虚拟环境：`conda create -n env_name python**=**version` + - `create`： 创建环境命令 + - `-n`：`--name` 缩写，后面紧接着是虚拟环境名称 + - `env_name`：虚拟环境名称：见名知意，可以根据实际需求更改 + - `version` ：Python版本，例如3.8，以下是具体示例 + +![A_conda_create_env](../../figures/A环境配置/A_conda_create_env.png) + +- 激活虚拟环境：`conda activate env_name` ，激活虚拟环境后，终端将会在括号内显示当前环境名称。 + +![A_conda_activate_env](../../figures/A环境配置/A_conda_activate_env.png) + +- 安装包：`conda install package_name`或者`pip install package_name` +- `pip`在安装包时临时更换镜像源：`pip install package_name -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple` +- 卸载包：`conda remove package_name`或者`pip uninstall package_name` +- 显示所有安装的包：`conda list` +- 删除指定虚拟环境：`conda remove -n env_name --all` +- 退出当前环境：`conda deactivate` + +更多的`conda`命令参考官网。 + +[Commands — conda 24.3.1.dev30 documentation](https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/commands/index.html) + +## A.4 安装 PyTorch、DGL 和 PyG + + + + + +1. 创建环境 + +```bash +conda create --name grape-book python=3.9 +``` + +进入环境 + +```bash +conda activate grape-book +``` + +2. 安装 `PyTorch` + +同时选择安装 cuda 11.7。 + +```bash +conda install pytorch==2.0.0 torchvision==0.15.0 torchaudio==2.0.0 pytorch-cuda=11.7 -c pytorch -c nvidia +``` + +如果你的 cuda 版本不同，请访问 [PyTorch 官网](https://pytorch.org/)下载对应的版本，或使用 CPU 版本。 + +3. 安装 `networkx` + +```bash +pip install networkx[default] +``` + +4. 安装 `dgl` + +因为我们前面选择安装了 cuda 11.7，这里我们安装对应版本的 dgl。 + +```bash +# If you have installed dgl-cuXX package, please uninstall it first. +pip install dgl -f https://data.dgl.ai/wheels/cu117/repo.html +pip install dglgo -f https://data.dgl.ai/wheels-test/repo.html +``` + +Deep Graph Library (DGL) 的安装会依赖于 PyTorch 和 cuda 的版本。如果大家在这一步不成功，可以查看 [DGL 官网](https://www.dgl.ai/pages/start.html)，选择适合自己设备的组合。 + +如果官网下载比较慢，可以利用清华源进行加速下载，`pip install dgl dglgo -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple` （这里应该默认是非 cuda 版本）。 + +5. 安装 `PyG` + +```bash +pip install torch_geometric +``` + +同样，PyG 的安装也会依赖于 PyTorch 和 cuda 的版本。如果大家在这一步不成功，请查看 [PyG 官网](https://pyg.org/)，选择适合自己设备的组合。 + +⚠️ 不建议使用 conda 安装 DGL 和 PyG。 + +## 参考 + +[1] [Miniconda — Anaconda documentation](https://docs.anaconda.com/free/miniconda/index.html#latest-miniconda-installer-links) + +[2] [PyTorch Document](https://pytorch.org/) + +[3] [DGL Document](https://www.dgl.ai/pages/start.html) + +[4] [PyG Document](https://pyg.org/) + +[5] [深入浅出 PyTorch](https://datawhalechina.github.io/thorough-pytorch/) diff --git "a/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_APPDATA.png" "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_APPDATA.png" new file mode 100644 index 0000000..9aea2d3 Binary files /dev/null and "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_APPDATA.png" differ diff --git "a/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_accept_license.png" "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_accept_license.png" new file mode 100644 index 0000000..ad6e5b8 Binary files /dev/null and "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_accept_license.png" differ diff --git "a/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_base.png" "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_base.png" new file mode 100644 index 0000000..cf1ba88 Binary files /dev/null and "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_base.png" differ diff --git "a/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_conda_activate_env.png" "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_conda_activate_env.png" new file mode 100644 index 0000000..dfa9ca3 Binary files /dev/null and "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_conda_activate_env.png" differ diff --git "a/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_conda_create_env.png" "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_conda_create_env.png" new file mode 100644 index 0000000..48c3e96 Binary files /dev/null and "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_conda_create_env.png" differ diff --git "a/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_conda_init.png" "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_conda_init.png" new file mode 100644 index 0000000..489714c Binary files /dev/null and "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_conda_init.png" differ diff --git "a/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_conda_inited.png" "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_conda_inited.png" new file mode 100644 index 0000000..f721697 Binary files /dev/null and "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_conda_inited.png" differ diff --git "a/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_conda_launcher.png" "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_conda_launcher.png" new file mode 100644 index 0000000..255bdb9 Binary files /dev/null and "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_conda_launcher.png" differ diff --git "a/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_condarc.png" "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_condarc.png" new file mode 100644 index 0000000..55f2f92 Binary files /dev/null and "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_condarc.png" differ diff --git "a/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_destination_folder.png" "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_destination_folder.png" new file mode 100644 index 0000000..0f657f0 Binary files /dev/null and "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_destination_folder.png" differ diff --git "a/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_gnome_file_exploer.png" "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_gnome_file_exploer.png" new file mode 100644 index 0000000..f8f842a Binary files /dev/null and "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_gnome_file_exploer.png" differ diff --git "a/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_gnome_shell.png" "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_gnome_shell.png" new file mode 100644 index 0000000..a3320c5 Binary files /dev/null and "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_gnome_shell.png" differ diff --git "a/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_installation_options.png" "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_installation_options.png" new file mode 100644 index 0000000..ea7b671 Binary files /dev/null and "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_installation_options.png" differ diff --git "a/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_license.png" "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_license.png" new file mode 100644 index 0000000..04dc356 Binary files /dev/null and "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_license.png" differ diff --git "a/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_miniconda_setting.png" "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_miniconda_setting.png" new file mode 100644 index 0000000..cfff638 Binary files /dev/null and "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_miniconda_setting.png" differ diff --git "a/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_more.png" "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_more.png" new file mode 100644 index 0000000..ac97020 Binary files /dev/null and "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_more.png" differ diff --git "a/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_new_pipini.png" "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_new_pipini.png" new file mode 100644 index 0000000..1c3d75e Binary files /dev/null and "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_new_pipini.png" differ diff --git "a/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_prompt.png" "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_prompt.png" new file mode 100644 index 0000000..ec4a209 Binary files /dev/null and "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_prompt.png" differ diff --git "a/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_win_pipini.png" "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_win_pipini.png" new file mode 100644 index 0000000..72df66a Binary files /dev/null and "b/figures/A\347\216\257\345\242\203\351\205\215\347\275\256/A_win_pipini.png" differ