1.7.0

Nouveautés

• Ajout du contact flore
• Correction et compléments dans les statistiques et mise en paramètre de leur affichage ou non, ainsi que de la date de début à prendre en compte pour leur affichage.
• Ajout d'un module d'export des données permettant d'offrir, en interne ou à des partenaires, un lien de téléchargement des données basé sur une ou des vues de la base de données (un fichier par vue). Voir http://docs.geonature.fr
• Modification des identifiants des listes pour compatibilité avec les applications GeoNature-Mobile.
• Complément dans la base de données pour compatibilité avec les applications GeoNature-Mobile.
• Correction d'une erreur sur l'importation de shape pour la recherche géographique
• WMS : correction de la liste des sites N2000, correction de l'affichage de l'aire optimale d'adhésion des parcs nationaux et retrait des sites inscrits et classés
• Correction d'un bug permettant la saisie d'une date d'observation postérieure à aujourd'hui dans Flore station
• Mention de la version de taxref sur la page d'accueil

Note de version

Rappel : commencez par suivre la procédure classique de mise à jour. http://docs.geonature.fr

1. Modification des identifiants des listes de taxons pour compatibilité avec les applications GeoNature-Mobile.

Dans GeoNature-Mobile, les taxons sont filtrables par classe sur la base d'un id_classe. Ces id sont inscrits en dur dans le code des applications mobiles.

Dans la base GeoNature les classes taxonomiques sont configurables grace au vues v_nomade_classes qui utilisent les listes (taxonomie.bib_listes).

Les id_liste ont donc été mis à jour pour être compatibles avec les id_classe des applications mobiles.

Voir le script SQL d'update data/update_1.6to1.7.sql et LIRE ATTENTIVEMENT LES COMMENTAIRES.

• En lien avec les modifications ci-dessus, mettre à jour les variables des classes taxonomiques correspondant aux modification des id_liste dans web/js/config.js
• Ajouter dans le fichier lib/sfGeonatureConfig.php les variables $struc_abregee, $struc_long, $taxref_version, $show_statistiques et $init_date_statistiques (voir le fichier lib/sfGeonatureConfig.php.sample)

2. Pour ajouter le Contact flore

• Exécuter le script sql data/2154/contactflore.sql
• Ajouter les variables $id_lot_cflore = 7, $id_protocole_cflore = 7, $id_source_cflore = 7 et $appname_cflore = 'Contact flore - GeoNature'; dans lib/sfGeonatureConfig.php (voir le fichier d'exemple lib/sfGeonatureConfig.php.sample)
• Ajouter les variables id_lot_contact_flore = 7, id_protocole_contact_flore = 7, id_source_contactflore = 7 dans web/js/config.js (voir le fichier d'exemple web/js/config.js.sample)
• l'enregistrement correspondant au contact flore dans la table synthese.bib_sources doit être actif (dernière colonne) pour que le contact flore soit accessible depuis la page d'accueil.

3. Afin de mettre à jour la configuration WMS, vous devez exécuter le fichier wms/update1.6to1.7.sh.

Au préalable, assurez vous que les informations renseignées dans le fichier config/settings.ini sont à jour. L'ancien fichier sera sauvegardé sous wms/wms_1.6.map. Vous pourrez faire le choix de conserver ou de supprimer ce fichier de sauvegarde qui ne sera pas utilisé par l'application.

./wms/update1.6to1.7.sh

4. Mise en place du module d'export

• Créer les vues retournant les données attendues.
• Configurer le module dans le fichier lib/sfGeonatureConfig.php à partir de l'exemple du fichier lib/sfGeonatureConfig.php.sample); section configuration du module d'export
  • Vous pouvez paramétrer plusieurs modules avec un nom pour chacun grace au paramètre exportname
  • Pour chacun des modules seuls les utilisateurs de geonature dont le id_role figure dans le tableau authorized_roles_ids peuvent exporter les données mises à disposition par le module d'export.
  • Chaque module peut comporter autant que vues que nécessaire (un bouton par vue générera un fichier zip par vue). Renseigner le tableau views pour chacun des modules.
  • Voir la documentation ici : https://github.com/PnEcrins/GeoNature/blob/master/docs/geonature_export_doc.rst
• Attribution des droits nécessaires pour le répertoire permettant l'enregistrement temporaire des fichiers générés par le module d'export.

chmod -R 775 web/uploads/exports

• Rétablir les droits d'écriture et vider le cache

chmod -R 777 cache/
chmod -R 777 log/
php symfony cc

1.6.0

Note de version

• Pour les changements dans la base de données vous pouvez exécuter le fichier data/update_1.5to1.6.sql

• Mise à jour de la configuration Apache. Modifier le fichier apache/wms.conf en vous basant sur l'exemple https://github.com/PnEcrins/GeoNature/blob/master/apache/wms.conf.sample#L16-L17

• Ajouter le paramètre $id_application dans lib/sfGeonatureConfig.php.php (voir la valeur utilisée pour GeoNature dans les tables utilisateurs.t_applications et utilisateurs.cor_role_droit_application)

• Ajouter le paramètre import_shp_projection dans web/js/configmap.map - voir l'exemple dans le fichier https://github.com/PnEcrins/GeoNature/blob/master/web/js/configmap.js.sample#L35

• Supprimer toute référence à gps_user_projection dans web/js/configmap.map

• Ajouter un tableau JSON des projections disponibles pour l'outil de pointage GPS : gps_user_projections dans web/js/configmap.map. Respecter la structure définie dans https://github.com/PnEcrins/GeoNature/blob/master/web/js/configmap.js.sample#L7-L14. Attention de bien respecter la structure du tableau JSON et notamment sa syntaxe (accolades, virgules, nom des objects, etc...)

• Ajouter les id_liste pour les classes faune filtrables dans les formulaires de saisie dans le fichier web/js/config.map. Ceci concerne les variables id_classe_oiseaux, id_classe_mammiferes, id_classe_amphibiens, id_classe_reptiles, id_classe_poissons et id_classe_ecrevisses, id_classe_insectes, id_classe_arachnides, id_classe_myriapodes et id_classe_mollusques. Voir l'exemple dans le fichier https://github.com/PnEcrins/GeoNature/blob/master/web/js/config.js.sample#L32-44

• Taxref a été mis à jour de la version 7 à 8. GeoNature 1.6.0 peut fonctionner avec la version 7. Cependant il est conseillé de passer en taxref V8 en mettant à jour la table synthese.taxref avec la version 8. Cette mise à jour pouvant avoir un impact fort sur vos données, son automatisation n'a pas été prévue. Le script SQL de migration de vos données de taxref V7 vers taxref V8 n'est donc pas fourni. Pour une installation nouvelle de la base de données, GeoNature 1.6.0 est fourni avec taxref V8.

• Le routing a été mis à jour, vous devez vider le cache de Symfony pour qu'il soit pris en compte. Pour cela, placez vous dans le répertoire racine de l'application et effectuez la commande suivante :

  php symfony cc
  

Changements

• Les recherches dans la synthèse sont désormais faites sur le cd_ref et non plus sur le cd_nom pour retourner tous les synonymes du taxon recherché - Fix #92
• Passage de taxref V7 à Taxref V8 - Fix #34
• Intégration de la première version de l'API permettant d'intégrer des données dans la synthèse depuis une source externe - http://docs.geonature.fr
• Mise en paramètre du id_application dans lib/sfGeonatureConfig.php.php - Fix #105
• Recharger la synthese après suppression d'un enregistrement - Fix #94
• L'utilisateur peut lui-même définir le système de coordonnées dans l'outil de pointage GPS - Fix #107
• Mise en paramètre de la projection de la shape importée comme zone de recherche dans la synthèse
• Les exports XLS et SHP comportent le cd_nom ET le cd_ref de tous les synonymes du nom recherché ainsi que le nom_latin (bib_taxons) ET le nom_valide (taxref) - Fix #92
• SAISIE invertébrés - Ajout d'un filtre Mollusques - Fix #117
• Amélioration du vocabulaire utilisé sur la page d'accueil - #118
• Affichage d'un message pendant le chargement des exports
• Mise en place de statistiques automatiques sur la page d'accueil, basées sur les listes de taxons. A compléter.

Corrections de bug

• Intégration de la librairie OpenLayers.js en local dans le code car les liens distants ne fonctionnaient plus - Fix #97
• Correction d'une erreur lors de l'enregistrement de la saisie invertébrés - Fix #104
• Correction d'une erreur de redirection si on choisit "Quitter" après la saisie de l'enregistrement (contact faune, mortalité et invertébrés) - Fix #102
• Correction du trigger contactfaune.synthese_update_cor_role_fiche_cf() - Fix #95
• Correction d'un bug dans les listes déroulantes des taxons filtrée par classe qui n'affichaient rien - Fix #109
• Correction d'un bug sur le contenu des exports shape avec le critère de protection activé - Fix #114
• Correction et adaptation faune-flore des exports shape
• SYNTHESE - Correction de la liste des taxons sans nom français - Fix #116
• Corrections CSS sur la page d'accueil - Fix #115
• Correction sur la largeur de la liste des résultats de la synthèse - Fix #110
• Correction des doublons dans la recherche multi-taxons - Fix #101
• Autres corrections mineures

1.5.0

Note de version

• Pour les changements dans la base de données vous pouvez exécuter le fichier data/update_1.4to1.5.sql

• Le bandeau de la page d'accueil web/images/bandeau_faune.jpg a été renommé en bandeau_geonature.jpg. Renommez le votre si vous aviez personnalisé ce bandeau.

• Si vous souhaitez désactiver certains programmes dans le "Comment ?" de la synthèse vous devez utiliser le champs actif de la table meta.bib_programmes.

• Compléter si nécessaire les champs url, target, picto, groupe et actif dans la table synthese.bib_sources.

• Nouvelle répartition des paramètres de configuration javascript en 2 fichiers (config.js et configmap.js). Vous devez reprendre vos paramètres de configuration du fichier web/js/config.js et les ventiler dans ces deux fichiers.

• Ajouter le paramètre id_source_mortalite = 2; au fichier web/js/config.js;

• Retirer le paramètre fuseauUTM; du fichier web/js/config.js;

• Bien définir le système de coordonnées à utiliser pour les pointages par coordonnées fournies en renseignant le paramètre gps_user_projection dans le fichier web/js/config.js;

• Ajouter le paramètre public static $id_source_mortalite = 2; au fichier lib/sfGeonatureConfig.php;

• Ajouter le paramètre public static $srid_ol_map = 3857; au fichier lib/sfGeonatureConfig.php;

• L'altitude est calculée automatiquement à partir du service "Alticodage" de l'API GeoPortail de l'IGN et non pluas à partir de la couche layers.l_isolines20. Ajoutez ce service dans votre contrat API Geoportail. Il n'est donc plus nécessaire de remplir la couche layers.l_isolines20. Cette couche peut toutefois encore être utile si l'utilisateur supprime l'altitude calculée par l'API Geoportail dans les formulaires de saisie.

• Le loup et le lynx sont retirés par défaut de la saisie (saisie recommandée dans le protocole national du réseau grands prédateurs)

• Le cerf, chamois et le bouquetin doivent être saisis selon 6 critères de sexe et age et non 5 comme les autres taxons. Comportement peut-être changé en modifiant la vue contactfaune.v_nomade_taxons_faune.

• Mortalité est désormais une source à part entière alors qu'elles étaient mélangées avec la source ContactFaune précédemment. Si vous avez déjà des données de mortalité enregistrées, vous devez adapter la requête SQL ci-dessous avec votre id_source pour Mortalité et l'exécuter :

  UPDATE synthese.syntheseff SET id_source = 2 WHERE id_source = 1 AND id_critere_synthese = 2;
  

Changements

• Optimisation des vues aux chargement des listes de taxons. Fixes #64
• Généricité des champs dans meta.bib_programmes (champs sitpn renommé en public). Fixes #68
• Ajout d'un champ actif à la table meta.bib_programmes permettant de masquer certains programmes dans le "Comment ?" de la synthèse. Fixes #66
• Ajout d'un champ url, target, picto, groupe et actif dans la table synthese.bib_sources pour générer la page d'accueil dynamiquement et de manière générique. Fixes #69
• Construire dynamiquement la liste des liens vers la saisie des différents protocoles à partir de la table synthese.bib_sources. Fixes #69
• Tous les styles des éléments de la page d'accueil ont été passés en CSS. Fixes #57
• Amélioration de l'interface pendant le chargement des différentes applications (synthèse, flore station, formualires de saisie...). Fixes #65
• Recentrage sur la position de l'utilisation en utilisant le protocole de géolocalisation intégré au navigateur de l'utilisateur. Fixes #65
• Un message automatique conseille les utilisateurs d'Internet Explorer de plutôt utiliser Firefox ou Chrome. Fixes #65
• Tri par défaut par date décroissante des 50 dernières observations affichées à l'ouverture de la Synthèse. Fixes #51
• Vocabulaire. "Dessiner un point" remplacé par "Localiser l'observation". Fixes #66
• Mise à jour des copyrights dans les pieds de page de toutes les applications.
• Refonte du CSS du formulaire de login avec bootstrap et une image de fond différente.
• Refonte Bootstrap de la page d'accueil.
• Homogénéisation du pied de page.
• FloreStation et Bryophytes - Homogénéiser interaction carte liste - ajout d'un popup au survol. Fixes #74
• Suppression d'images non utilisées dans le répertoire web/images.
• Mise en cohérence des vues taxonomiques faune. Fixes #81
• Calcul de l'altitude à partir du service "Alticodage" de l'API GeoPortail de l'IGN.
• Factorisation et généralisation du module permettant un positionnement des pointages par saisie de coordonnées selon projection et bbox fournies en paramètres de config.
• Création d'une configuration javascript carto dédiée (configmap.js).

Corrections de bug

• Correction des problèmes de saisie de la version 1.4.0 liés à la migration de la taxonomie.
• Correction de bugs dans Flore Station et Bryophytes (Zoom, recherche...)

1.4.0

Note de version

• La gestion de la taxonomie a été mis en conformité avec le schéma taxonomie de la base de données de TaxHub (https://github.com/PnX-SI/TaxHub). Ainsi le schéma taxonomie intégré à GeoNature 1.3.0 doit être globalement revu. L'ensemble des modifications peuvent être réalisées en éxecutant la partie correspondante dans le fichier data/update_1.3to1.4.sql (https://github.com/PnEcrins/GeoNature/blob/master/data/update_1.3to1.4.sql).
• De nouveaux paramètres ont potentiellement été ajoutés à l'application. Après avoir récupéré le fichier de configuration de votre version 1.3.0, vérifiez les changements éventuels des différents fichiers de configuration.
• Modification du nom de l'host host hébergeant la base de données. databases --> geonatdbhost. A changer ou ajouter dans le /etc/hosts si vous avez déjà installé GeoNature.
• Suivez la procédure de mise à jour : http://docs.geonature.fr

Changements

• A l'installation initiale, chargement en base des zones à statuts juridiques pour toute la France métropolitaine à partir des sources de l'INPN
• A l'installation initiale, chargement en base de toutes les communes de France
• Mise en place de la compatibilité de la base avec le schema de TaxHub

1.3.0

Pré-Version de GeoNature - Faune ET Flore. Le fonctionnement de l'ensemble n'a pas été totalement testé, des bugs sont identifiés, d'autres subsistent certainement.

Changements

• Grosse évolution de la base de données
• Ajout de deux applications de saisie flore (flore station et bryophytes)
• Intégration de la flore en synthèse
• Ajout d'un id_lot, id_organisme, id_protocole dans toutes les tables pour que ces identifiants soient ajoutés vers la synthèse en trigger depuis les tables et pas avec des valeurs en dur dans les triggers. Ceci permet d'utiliser les paramètres de conf de GeoNature
• Ajout d'une fonction à la base pour correction du dysfonctionnement du WMS avec mapserver
• Suppression du champ id_taxon en synthèse et lien direct de la synthèse avec le taxref. Ceci permet d'ajouter des données en synthèse directement dans la base sans ajouter tous les taxons manquants dans la table bib_taxons
• Suppression de la notion de cœur dans les critère de recherche en synthèse
• Ajout d'un filtre faune flore fonge dans la synthèse
• Ajout de l'embranchement et du règne dans les exports
• Permettre à des partenaires de saisir des données mais d'exporter uniquement leurs propres données
• Ajout du déterminateur dans les formulaires invertébrés et contactfaune + en synthese
• Ajout du référentiel géographique de toutes les communes de France métropolitaine
• Ajout des zones à statuts juridiques de la région sud-est (national à venir)
• Bugs fix

1.2.0

Version stabilisée de GeoNature - Faune uniquement (Synthèse Faune + Saisie ContactFauneVertebre, ContactFauneInvertebre et Mortalité).

Changements

• Modification du nom de l'application de FF-synthese en GeoNature
• Changement du nom des utilisateurs PostgreSQL
• Changement du nom de la base de données
• Mise à jour de la documentation (http://docs.geonature.fr)
• Automatisation de l'installation de la BDD
• Renommer les tables pour plus de généricité
• Supprimer les tables inutiles ou trop spécifiques
• Gestion des utilisateurs externalisée et centralisée avec UsersHub (https://github.com/PnEcrins/UsersHub)
• Correction de bugs
• Préparation de l'intégration de la Flore pour passer de GeoNature Faune à GeoNature Faune-Flore

1.1.1

Changements

• correction de deux bug sur les exports statuts et SIG
• nouveau bandeau d'identification

1.1.0

Changements

• Modification du schéma de la base pour être compatible taxref v7
• Import automatisé de taxref v7
• Suppression des tables de hiérarchie taxonomique (famille, ordre, ...) afin de simplifier l'utilisation de la taxonomie.
• Création de la notion de groupe (para-taxonomique) à la place de l'utilisation des classes.
• Ajout de données pour pouvoir tester de façon complète l'application (invertébrés, vertébrés)
• Ajout de données exemples
• Bugs fix

1.0.0

Version fonctionnelle des applications : visualisation de la synthèse faune, saisie d'une donnée de contact (vertébrés, invertébrés, mortalité)

Changements

• Documentation de l'installation d'un serveur Debian wheezy pas à pas
• Documentation de la mise en place de la base de données
• Documentation de la mise en place de l'application et de son paramétrage
• Script d'insertion d'un jeu de données test
• Passage à PostGIS v2
• Mise en paramètre de la notion de lot, protocole et source

Prochaines évolutions

• Script d'import de taxref v7
• Utilisation préférentielle de la taxonomie de taxref plutôt que les tables de hiérarchie taxonomique

0.1.0

Création du projet et de la documentation